トムテという妖精に悪戯をしたために小人にされてしまったニルスは、ガチョウのモルテンやガンのアッカたちとスウェーデンの空を北に向けて旅をすることになります。旅の途中、仲間のガンの命を救ったり小さな動物たちを護ってあげたりするうちに、役立たずのただの悪童だったニルスが、小鳥や動物たちに好かれ、仲間に信頼される少年に成長していきます。昔話や伝説や実際にあった出来事が、物語の本筋に巧みに織り込まれているので、読者はニルスと一緒に空と地上の両方で「ふしぎな、すばらしい」体験ができます。